Optimasi Peningkatan Kualitas DNA Genom Sederhana Menggunakan Modifikasi Metode Boiling Berbasis Chelex dan Proteinase K

Abstract

Ekstraksi DNA merupakan tahapan krusial dalam analisis molekuler. Metode boiling dikenal sebagai teknik ekstraksi sederhana dan cepat, namun sering menghasilkan DNA dengan kemurnian dan stabilitas yang rendah akibat kontaminasi protein serta ion logam. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan efektivitas empat metode ekstraksi DNA, yaitu boiling (B), boiling dengan Chelex, boiling dengan Proteinase K , serta boiling dengan kombinasi Chelex dan Proteinase K . Hasil pengukuran konsentrasi menunjukkan bahwa metode B+PK menghasilkan konsentrasi DNA tertinggi (320,40 ng/µL), diikuti oleh Boiling +Chelex+Proteinase K (268,50 ng/µL), B (179,15 ng/µL) dan Boiling +Chelex (151,00 ng/µL). Nilai kemurnian (A260/A280) berada pada rentang 1,78–1,92, yang menunjukkan DNA relatif murni. Analisis visual melalui elektroforesis menunjukkan bahwa semua metode berhasil mengekstraksi DNA, namun pita DNA paling jelas dan tegas diperoleh melalui metode Boiling +Chelex+Proteinase K. Hasil ini menunjukkan bahwa kombinasi Chelex dan Proteinase K dalam metode boiling mampu meningkatkan kualitas visual dan stabilitas DNA, sehingga berpotensi menjadi metode alternatif yang sederhana, murah, dan efektif untuk keperluan analisis DNA berbasis PCR.