Analisis Filogenetik Bakteri Escherichia coli Berdasarkan DNA Genomik Gen BlaTEM Dari Data Sekuens NCBI

Pendekatan Bioinformatika terhadap Variasi Gen BlaTEM pada Escherichia coli Tahun 2016–2025

Abstract

Resistensi antibiotik yang disebabkan oleh bakteri penghasil β-laktamase, seperti Escherichia coli, menjadi permasalahan global yang serius. Gen blaTEM merupakan salah satu gen utama yang berkontribusi terhadap resistensi tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis hubungan filogenetik antar isolat Escherichia coli berdasarkan sekuens DNA gen blaTEM yang diambil dari database NCBI dalam rentang waktu 2016 hingga 2025. Data sekuens diselaraskan menggunakan metode ClustalW dalam perangkat lunak MEGA X, kemudian dianalisis menggunakan metode Neighbor-Joining dan 1000 bootstrap. Hasil analisis menunjukkan pembentukan beberapa klade utama dengan tingkat kedekatan genetik yang bervariasi. Kelompok isolat tahun 2021–2024 memiliki kedekatan genetik tinggi, sedangkan isolat tahun 2020 dan 2025 menunjukkan divergensi yang signifikan. Temuan ini mengindikasikan adanya variasi evolusioner dalam gen blaTEM yang penting untuk dipantau sebagai bagian dari strategi pengendalian resistensi antibiotik.